As estações de transferência, juntamente com os terminais, são os locais onde irão ocorrer as integrações e transferências dentro do sistema BRT, onde o pagamento das tarifas é realizado antecipadamente nas bilheterias. As estações estão localizadas no canteiro central, em plataforma elevada para embarque e desembarque em nível, de modo a atender simultaneamente ambos os sentidos de tráfego. Ao todo, serão implantadas no Corredor Norte-Sul 10 estações.
Cada estação é composta por 3 edificações: estação municipal, estação metropolitana e anexo central, com bilheteria única para embarque em ambas as estações. Apesar de operarem com o mesmo sistema de bilhetagem eletrônica (cartão Ótimo), foi necessária segregação dos sistemas municipais e metropolitanos, uma vez que estes são operados pelo poder municipal e estadual, respectivamente. Entre os sistemas não há integração tarifária até o momento, sendo necessário espaço para cada um deles.
Os Terminais de Integração são instalações que permitem a integração e transferência entre os serviços troncais com múltiplos alimentadores. A nova rede de transporte será composta por 5 Terminais de Integração: Darcy Ribeiro, Sede, Petrolândia, Ressaca e Eldorado. Desses, 1 terminal já está pronto, 2 estão em construção, além do Eldorado que já existe e será readequado.